Kelompok Penyelidikan — Cara Menggunakan

Gunakan Research Batch apabila soalan saintifik anda bergantung pada satu siri spektrum FTIR dan bukannya satu fail: rawatan, kepekatan, formulasi, titik masa atau kumpulan biologi dengan replikasi. Aliran kerja ini mengekalkan struktur kajian agar kekal jelas semasa anda beralih daripada corak kumpulan kepada kawasan spektrum yang mendasarinya.

Pilih aliran kerja ini untukPerbandingan antara kumpulan eksperimen

Gunakannya apabila replikasi dan sampel bebas penting untuk kesimpulan saintifik, bukan apabila anda hanya perlu mengenal pasti satu spektrum yang tidak diketahui.

Persoalan yang dibantu untuk dijawabAdakah kumpulan berbeza, sejauh manakah ketekalannya, dan jalur manakah yang menerangkan perbezaan tersebut?

Keserupaan, PCA, pengelompokan dan perbezaan puncak ialah pandangan yang berbeza terhadap kajian yang sama dan hendaklah ditafsirkan secara bersama.

Perkara yang boleh anda teruskanBukti berangka untuk statistik, rajah dan semakan manuskrip

Eksport nilai dan bukannya bergantung pada tangkapan skrin, sambil memastikan penetapan sampel dan bukti spektrum tersedia untuk pengarang bersama atau analisis kemudian.

Apa yang dilakukan oleh workbench ini

Menyusun banyak spektrum ke dalam sampel, replikasi dan kelas pilihan.
Membandingkan spektrum dan purata isolat dengan metrik keserupaan.
Menjalankan PCA untuk menunjukkan corak utama variasi merentasi kelompok.
Membina pengelompokan UPGMA untuk menunjukkan hubungan relatif antara sampel.
Menyerlahkan puncak yang berbeza antara kumpulan yang ditakrifkan.
Boleh membina model kelas gaya SIMCA apabila terdapat sekurang-kurangnya 5 pencilan bebas bagi setiap kelas.

Bila hendak menggunakan Research Batch

Siri formulasi, kumpulan rawatan, titik masa atau kumpulan biologi.
Pemeriksaan ketekalan replikasi dalam sesuatu eksperimen.
Pemeriksaan penerokaan terhadap corak, pengelompokan dan pencilan.
Mencari jalur yang menyumbang kepada perbezaan antara kumpulan yang telah ditetapkan.

Penting: Research Batch menyediakan bukti berangka penerokaan. Pemisahan kumpulan dalam PCA atau pengelompokan bukanlah, dengan sendirinya, bukti identiti kimia atau sebab-musabab.

Aliran kerja dalam empat langkah

1Muat naik spektrumMuat naik fail FTIR daripada kajian anda. Berbilang fail boleh ditambah dalam satu kelompok.

2Huraikan sampelBerikan setiap fail kepada sampel, replikasi atau isolat, serta label kelas pilihan. Untuk kelompok yang lebih besar, gunakan pilihan CSV metadata.

3Jalankan analisisMeja kerja mengira keserupaan, PCA, pengelompokan dan perbezaan puncak menggunakan tetapan yang dipilih.

4Semak dan eksportPeriksa plot dan jadual, kemudian eksport keputusan berangka untuk statistik atau pelaporan bebas.

Penetapan sampel dan replikasi

Gunakan ID sampel yang bermakna di luar perisian. Replikasi hendaklah mewakili pengukuran berulang bagi sampel yang sama; pencilan bebas hendaklah kekal dapat dibezakan apabila mewakili unit eksperimen yang berasingan.

ID Sampel — Nama yang stabil bagi sampel atau unit eksperimen.
Replikasi / pengasingan — Gunakan medan penugasan untuk memastikan pengukuran berulang dan sampel bebas dikumpulkan dengan betul.
Label kelas — Kumpulan pratakrif pilihan seperti kumpulan Kawalan, Rawatan atau formulasi.

Julat analisis dan normalisasi

Julat cap jari: Julat analisis lalai ialah 1800–900 cm⁻¹. Ubahnya apabila protokol anda memerlukan kawasan yang berbeza; puncak di luar julat yang dipilih tidak digunakan dalam pengiraan tersebut.

Penormalan: Normalisasi vektor ialah tetapan lalai. SNV juga tersedia apabila sesuai untuk set data anda. Kekalkan prapemprosesan yang konsisten merentas spektrum yang ingin anda bandingkan.

Maksud tab hasil

Matriks Kesamaan — Perbandingan berpasangan spektrum atau purata isolat menggunakan metrik persamaan atau jarak yang tersedia.
PCA & SIMCA — Skor PCA dan varians yang diterangkan; diagnostik model kelas dipaparkan apabila data memenuhi keperluan model kelas.
Pengelompokan — Dendrogram UPGMA yang menunjukkan hubungan relatif dalam ruang ciri yang dianalisis.
Perbezaan Puncak — Jalur dengan perbezaan kumpulan yang paling ketara serta bukti statistik yang tersedia.
Sampel — Fail dan metadata yang digunakan dalam analisis.

Model kelas gaya SIMCA

Model kelas memerlukan sekurang-kurangnya 5 isolat bebas bagi setiap kelas. Model ini ialah model penentukuran yang dibina daripada data dalam kelompok tersebut, bukannya pengelas yang disahkan secara bebas. Gunakan pengesahan luaran sebelum menganggap model sebagai kaedah pengelasan ramalan.

Eksport keputusan

Gunakan eksport CSV, Excel atau JSON untuk mengekalkan hasil berangka dan meneruskan analisis di luar FTIR.fun. Nilai yang dieksport lebih sesuai berbanding tangkapan skrin untuk statistik bebas dan penyimpanan rekod.

Soalan Lazim

Berapa banyak spektrum yang boleh saya analisis serentak?

Kelompok besar mengambil masa lebih lama untuk diproses dan boleh menyebabkan plot atau jadual lebih sukar dibaca. Kapasiti praktikal bergantung pada saiz fail, analisis yang dipilih dan sumber pelayan, jadi pecahkan kajian yang sangat besar kepada kelompok yang bermakna apabila diperlukan.

Bagaimana jika saya tidak mempunyai replikasi?

Anggap setiap fail sebagai sampel bebas apabila perkara itu selaras dengan reka bentuk eksperimen anda. Jangan mereka-reka hubungan replikasi semata-mata untuk memenuhi keperluan analisis.

Bolehkah saya membandingkan spektrum daripada instrumen yang berbeza?

Ya, tetapi perbezaan instrumen, aksesori, resolusi, pensampelan dan prapemprosesan boleh menghasilkan pemisahan kumpulan yang kelihatan. Selaraskan pemerolehan dan prapemprosesan sedapat mungkin, dan tafsirkan perbezaan antara instrumen dengan berhati-hati.

Adakah perbezaan puncak yang ketara mengenal pasti punca kimia?

Tidak. Ia mengenal pasti perbezaan spektrum untuk disiasat. Gunakan konteks kimia, bukti literatur, piawaian atau kaedah analisis lain untuk menyokong penugasan tersebut.